Im Schaltjahr 1988, genau am 29. Februar, feierte die Stadt die Einweihung ihres neuen Kleinen Kulturzentrums des Krügerschen Haus als Museum, Archiv und kultureller Begegnungsstätte. Dieses Großereignis war einer längeren kulturpolitischen Debatte vorausgegangen. Bereits in den fünfziger Jahren setzte sich die 1951 gegründete
Bezirksgruppe Geesthacht des Heimatbund und Geschichtsverein Herzogtum Lauenburg für die Gründung eines Heimatmuseums werbewirksam ein. Es dauerte viele Jahre bis die Umsetzung erfolgte.
 
1985 begannen die Restaurierungs- und Umbauarbeiten.. 1988 wurde das Haus mit einer Ausstellung zur Geesthachter Stadtgeschichte eröffnet. Die Stadt sah eine multifunktionelle Nutzung für das neue Kulturzentrum vor. Als Museum und Stadtarchiv sollte Regionalgeschichte erlebbar gemacht, überregionale Sonderausstellungen gezeigt und Kleinkunst und Musikabende angeboten werden. Das Haus erfüllte nach und nach die in ihm gestellten Erwartungen. Es kamen weitere Arbeitsbereiche wie Touristeninformation und die städtische Kontaktpflege (bis 2005) hinzu.
 
Heute besteht das Jahresprogramm aus einer bunten Mischung von regionalen und überregionalen Sonderausstellungen sowie Vorträgen, Kleinkunstveranstaltungen, Musikabenden, Workshops, Gesprächsabenden und anderes mehr. Eine vom Archiv und Museum iniziierte Schriftenreihe erstreckt sich inzwischen auf 13 Bände, die einen festen Platz in der wissenschaftlichen Aufarbeitung der Regionalgeschichte eingenommen haben.
 
Mit der Eröffnung der neuen Dauerausstellung 2005 ist ein weiterer wichtiger Abschnitt umgesetzt worden.

Bis ins 19. Jahrhundert  hinein herrschte in weiten Teilen Norddeutschlands das Niederdeutsche Hallenhaus, das sich seit vielen Jahrhunderten entsprechend den Bedürfnissen der Menschen entwickelt und somit verschiedene Bauweisen und regionale Sonderformen hervorgebracht hat. Prägende äußere Merkmale waren der lange gestreckte Baukörper, das steile Reet- oder Strohdach, die Grootdör, niedrige Fachwerkaußenwände mit Lehm- oder Backsteingefachen und kleine Fenster. Das Krügersche Haus ist in seinem Kern ein solches Gebäude.
 
Das Niederdeutsche Hallenhaus vereinigte Wohn- und Wirtschaftsfunktionen unter einem Dach; neben dem Wohnraum für die bäuerliche Familie und meist auch für die Altenteiler waren Vieh, Vorräte und Erntegut unterzubringen. Stall- und Wohnbereich waren kaum voneinander getrennt. So konnten Staub, Dreck und Gestank aus dem Stallbereich ungehindert in den Bereich zum Wohnen und Hauswirtschaften gelangen. Man lebte mit dem Vieh nicht nur unter einem Dach, sondern oft sogar in einem Raum. Es handelte sich um so genannte Rauchhäuser, Häuser ohne Schornstein mit offener Feuerstelle auf der Diele.
Die Feuerstelle stand im Dielenbereich gegenüber dem Grootdör, sie wurde von der Hausfrau stets sorgsam beaufsichtigt. Von ihrer Stelle am Feuer konnte sie Stallungen und Vieh im Auge halten sowie durch die Luke nach Außen schauen. Der Rauch vom offenen Herdfeuer stieg nach oben und verteilte sich frei im ganzen Haus. Das hatte Vor- und Nachteile. Er räucherte die an der Dielendecke hängenden Fleisch- und Wurstwaren, konservierte das Gebälk des Hauses und machte die auf dem Dachboden lagernden Erntevorräte haltbar. Aber auch die Bewohner wurde geräuchert. Es gab entzündete Augen und gereizte Atemwege. Fast die gesamte Inneneinrichtung war mit einer schwarzen, schmierigen Rußschicht bedeckt.
 
Die Wärmeausnutzung des Feuers war zudem schlecht, so dass ein Niederdeutsches Hallenhaus im Winter bitter kalt war. In der kalten Jahreszeit war es im Haus lediglich vier bis sechs Grad wärmer als draußen. Mit dem Anbau der Kammerfächer (südlichem Anbau 1782) wurden zwei beziehbaren Stuben im Krügerschen Haus geschaffen. Die Einheit von Vieh und Mensch wurde etwas gelockert. Die gute Stube bekam eine Holztäfelung, in den Alkoven konnte man wärmesparend schlafen. Mit den Anbauten begann den Wandel vom bäuerlichen zum bürgerlichen Wohnen.

Im Rahmen der Forschungen für die neue ständige Ausstellung zur Stadtgeschichte Geesthachts ergaben sich aufgrund der Forschungsarbeit von Dr. Jutta Braden völlig neue Grundlagen für die Bestimmung der Entstehung des Krügerschen Hauese. Die Hamburger Historikerin stieß bei ihren Forschungsarbeiten im Staatsarchiv Hamburg auf Ungereimtheiten in der überlieferten Literatur über die Geschichte des „ältesten Hauses“ Geesthachts. Anhand der Aktenlage verfolgte sie die Spuren der Haus- und Familiengeschichte der Familie Krüger – mit überraschenden Ergebnissen.
 
Auszug: Mit der Geschichte des Krügerschen Hauses in seiner Heimatstadt Geesthacht hat sich im Jahr 1953 erstmals Hans Joachim Zekorn im Rahmen seiner zweiten Hausarbeit für das Lehramt an Berufsschulen befasst. Es gab lange keinen Anlass, seine Darstellung anzuzweifeln, dass das Krügersche Haus identisch mit dem Katen sei, den der Ahnherr der Familie Krüger, Johann Krüger (1753-1827), 1782 durch seine Heirat mit der Witwe Catharina Margaretha Messerschmidt (1747-1827) erwarb. Überzeugend wirkte daher auch seine Schlussfolgerung, dass in der Geschichte der Familie Messerschmidt, die Zekorn anhand des Bergedorfer Amtsprotokolls bis in das Jahr 1705 als Kateneigentümer in Geesthacht zurückverfolgen konnte, auch die Geschichte des Krügerschen Hauses dokumentiert sei. Wer allerdings sich mit den von Zekorn angegebenen Quellen erneut befasst, stößt auf Ungereimtheiten in seiner Darstellung.
 
So trifft Zekorns Angabe nicht zu, dass auf den Folien 28-31 des Geesthachter Hypothekenbuches die Übertragung des Eigentums an dem ehemals Messerschmidtschen Katen durch Johann Krüger an seinen Sohn Carsten Peter Krüger (1783-1820) am 12. April 1820 verzeichnet sei. Folio 28 gibt vielmehr darüber Auskunft, dass die Gläubiger von Jochim Erdmann Reimers (1756-1819) dessen Haus und Hof an die Erben des verstorbenen Ernst Hinrich Knoop verkauft haben und diese Eigentumsübertragung am 6. Oktober 1819 in das Hypothekenbuch eingetragen wurde; einer Nachbemerkung auf diesem Folio ist zu entnehmen, dass von diesem Grundstück „das Wohnhaus, Brennhaus und ein Theil des Gartens an Carsten Peter Krüger“ übertragen und für dieses Grundstück das neue Folio 31 angelegt worden ist. Die Eintragung vom 12. April 1820 auf Folio 31 lautet entsprechend, dass „seel. H. Ernst Hinrich Knoop Erben“ von ihrem Grundstück den oben beschriebenen Anteil an Carsten Peter Krüger verkauft haben. Festzuhalten ist also, dass Carsten Peter Krüger am 12. April 1820 zwar einen Katen in Geesthacht erwarb, aber entgegen Zekorns Angabe offensichtlich nicht von seinem Vater Johann Krüger den ehemals Messerschmidtschen Katen, sondern einen Teil des Grundstücks mit Wohn- und Brennhaus, das sich laut Folio 28 ehemals im Besitz von Jochim Erdmann Reimers befand.
 
Verfolgt man die weiteren Eintragungen auf dem Folio 31 des Geesthachter Hypothekenbuches bzw. auf dem Folgeblatt, dem Folio 80 des 1850 angelegten Geesthachter Grundbuches, wird erkennbar, dass es sich bei dem Wohnhaus auf diesem Grundstück tatsächlich um das Krügersche Haus handelt. Denn dieses Haus ging am 3. Oktober 1838 in den Besitz von Johann Carsten Krüger (*1811) über; allerdings übertrug nicht, wie Zekorn angibt,  Carsten Peter Krüger seinem Sohn Johann Carsten dieses Haus, sondern seine zum zweiten Mal verwitwete Mutter und deren Kinder. Im Geesthachter Grundbuch, auf dessen Folio 80 das Folio 31 1850 übertragen wurde, ist dann der nächste Eigentumswechsel des Krügerschen Hauses vom Vater Johann Carsten an seinen Sohn Johann Heinrich Krüger (*1842) im Jahr 1876 eindeutig dokumentiert.